Un caudillo federal

Establecido el gobierno federal, aumentó su fortuna mediante la concesión obtenida del gobierno local, en conjunto con los grupos riojanos y porteños, para explotar las minas de cobre y plata de la región, y de esta manera poder acuñar moneda propia en 1821 hasta 1823, de estilo macuquina y de diferentes denominaciones — 1/2R; 1R; 2R y de 4R — en 1824 empezó a copiar el formato de las del año XIII, y debido a su gran éxito y aceptación riojana, trascendió las fronteras provinciales, extendiéndose a todas las Provincias del Río de la Plata (1824 - 1837), también de diferentes denominaciones — reales y soles de plata: 1R; 2S; 4S; 8R, y escudos de oro: 2E; 8E — .
Cuando el ministro de gobierno de la provincia de Buenos Aires, Bernardino Rivadavia, licita esas minas a inversores británicos, sobre las cuales no tenían derechos, más la leva forzada realizada por el general Gregorio Aráoz de La Madrid en Tucumán y Catamarca para la Guerra del Brasil, y el tratado realizado por el gobierno de Buenos Aires (como Representante de las Relaciones Exteriores de la Confederación Argentina) con Gran Bretaña por el cual se establece la libertad religiosa, deciden tomar partido en la lucha entre unitarios (partidarios de un gobierno liberal fuerte establecido en Buenos Aires) y federales. En parte como excusa, llevó en sus campañas la bandera de Religión o Muerte, como manifestación de oposición a la política religiosa de Rivadavia.
Por su parte, Rivadavia fue electo presidente por el Congreso General de 1824, aunque sin una constitución que lo avalara. Su política fue decididamente centralista, y pretendió imponer su voluntad por la fuerza a los gobiernos provinciales opositores.[7]
Hasta ese momento, Facundo era más bien un militar destacado, con alguna inclinación a imponer su voluntad sin consideraciones, pero de ninguna manera un caudillo violento o sanguinario. No se inclinaba hacia el federalismo ni hacia el unitarismo. Más tarde declararía que era unitario por convicción, pero que se hizo federal porque esa era la voluntad de los pueblos.
En la provincia de Catamarca estuvo por iniciarse un enfrentamiento interno en 1825 que se pudo evitar por la mediación de Quiroga, saliendo de garante entre el gobernador Manuel Antonio Gutiérrez y sus opositores. Pero éste último violó el acuerdo, reiniciando la guerra civil y llevando en su contra al caudillo riojano. Éste invadió Catamarca y lo derrocó, casi sin luchar. Pero el gobernador depuesto llamó en su ayuda a Lamadrid — que se había apoderado del gobierno de la provincia de Tucumán — reponiéndolo en el mismo. Entonces Quiroga volvió sobre Catamarca nuevamente, expulsando a Gutiérrez, y luego siguió camino hacia Tucumán, adonde derrotó a Lamadrid en la batalla de El Tala, el 27 de octubre de 1826. Lamadrid fue dado por muerto, por lo que Quiroga se retiró.
De allí pasó a San Juan, donde aseguró el poder para el partido federal, colocando en el gobierno a un pariente suyo. Ese mismo año de 1826, el Congreso sancionó una constitución unitaria, a la que la mayor parte de las provincias se opuso. Sólo Salta y Tucumán aprobaron esa constitución. Se dijo que el enviado por el Congreso para presentar la constitución a Quiroga se encontró con éste en San Juan, donde lo encontró recostado sobre su recado bajo un toldo de cuero, en un campo de alfalfa. Sin levantarse, garabateó en la primera hoja Despachado, y envió al diputado porteño de regreso a Buenos Aires.
Cuando supo que Lamadrid había sobrevivido y nuevamente ocupaba el gobierno de Tucumán (y Gutiérrez el de Catamarca), y que además había invadido Santiago del Estero, volvió a invadir Tucumán, pasando por Santiago. Derrotó por completo a Lamadrid en la batalla de Rincón de Valladares, el 6 de julio de 1827. Impuso una fuerte contribución a la provincia para resarcirse de los gastos que le habían obligado a hacer. Como la legislatura quiso evitar esa indemnización, le escribió:
"... si no se me satisface antes de las dos horas de este día, me haré pagar, no la suma de 24000 pesos, sino todos los gastos que he hecho, y todas las pérdidas que he sufrido en mis negocios. Cuidado, pues, no haya equivocación. Las generosidades tienen sus límites... pasada la hora mencionada, sin haber recibido la pequeña suma que pido, empezaré a hacer sentir inmediatamente los estragos de la guerra."
Cobró lo exigido sin problemas, y colocó un gobierno federal en Tucumán. La batalla de Rincón aceleró la renuncia del unitario Rivadavia al gobierno nacional, y desde entonces controló la política de las provincias de Cuyo, La Rioja y Catamarca, y tuvo una fuerte influencia sobre Santiago del Estero y Córdoba.